Žodis gimnazija yra kilęs iš lotyniško žodžio „gymnasium“ – fizinės mankštos arba filosofų susirinkimo vieta. Tai buvo bendrojo lavinimo aukštesnioji mokykla, kurią baigus gaunama teisė studijuoti toliau. Gimnazijas Graikijoje kūrė ir joms vadovavo Platonas, Aristotelis ir Sokratas. Lietuvoje gimnazijų įkūrimo pradininkai buvo įvairūs ordinai: jėzuitų ordinas mokyklas steigdavo Vilniuje (1570 m.), Kražiuose (1616 m.), pijorų ordinas steigdavo kituose miestuose – Panevėžyje, Ukmergėje, Raseiniuose, Želvoje (1727 m.). Mokyklas Kėdainiuose, Biržuose (1539-1542 m.) steigė ir protestantai. 1940 m. Lietuvoje veikė 78 gimnazijos ir 27 progimnazijos. Okupavus Lietuvą, vienu įsakymu per vieną naktį visos gimnazijos virto vidurinėmis mokyklomis.
Atkūrus Lietuvos Nepriklausomybę, į švietimo sistemą plūstelėjo nauji vėjai ir idėjos. Sąjūdžio idėjos, laisvės siekis, noras kiekvienam jaustis reikalingam leido koncentruoti mintis ir darbus kuriant Lietuvos švietimo sistemą. Mes visi buvome liudininkai svarbių Lietuvai įvykių, išgyvenome įvairias krizes ir ideologijų kaitą. Šis judėjimas neatsirado stichiškai, tiesiog susiklostė labai gera situacija, kai dirbti pagal senas programas ir vadovėlius jau negalėjome, naujų programų ir vadovėlių dar nebuvo, o mokytojai kiekvieną dieną turėjo stovėti prieš žinių ištroškusius mokinius ir perteikti savo sukauptą patirtį. Atsirado natūralus noras susitikti su artimiausių mokyklų vadovais, mokytojais ir aptarti atsiradusias problemas. Švietimo ir mokslo ministerija taip pat nenorėjo likti nuošalyje ir siųsdavo į mūsų susitikimus savo atstovus, – taip užsimezgė kūrybiškas požiūris į Lietuvos švietimo sistemą. Kiekvienas susitikimas vyko vis kitame Lietuvos mieste, kur aptardavome svarbiausias problemas. Dažnai išaiškėdavo, kad problemos labai panašios, ir vis natūraliai kildavo mintis, kad reikia steigti asociaciją, kuri atstovautų gimnazijų interesus ministerijose, Seime, Vyriausybėje.
Nuo pirmo susitikimo, kuris vyko Panevėžio Juozo Balčikonio gimnazijoje 1993 m. sausio 15 d., praėjo beveik dveji metai iki steigiamosios asociacijos konferencijos Vilniuje. Mus konsultavo, mokė žvelgti plačiau ir giliau M. Lukšienė, L. Tupikienė, V. Zaborskaitė, A. Juozaitis, Ž. Jackūnas, P. Gudynas, G. Dienys, G. Zlatkus, A. Targamadzė, A. Kalvaitis, R. Ališauskas. Visada kartu su mumis buvo K. Kaminskas, R. Dukynaitė. Džiugina, kad Panevėžyje įkurta iniciatyvinė grupė paskleidė šias mintis po Lietuvą ir 1994 m. gruodžio 20 d. gimė Lietuvos gimnazijų asociacija (toliau – LGA). Gimnazijų veiklai koordinuoti buvo išrinkta gimnazijų taryba, prezidentas, sekretorius. Į gimnazijų tarybą ketveriems metams buvo deleguoti apskričių pasiūlyti kandidatai. Viso išrinkta 10 atstovų. Taip pat buvo pasiūlyta, kad į gimnazijų tarybą būtų deleguotas profesinių mokyklų atstovas. Pirmuoju asociacijos prezidentu slaptu balsavimu išrinktas Panevėžio Juozo Balčikonio gimnazijos direktorius Raimondas Dambrauskas, kuris asociacijai vadovavo iki 2008 m.
Pirmaisiais metais turėjome nuveikti daug darbų: sukurti ir įteisinti asociacijos strateginius dokumentus, užmegzti ryšius su Švietimo ir mokslo ministerija sprendžiant aktualius gimnazijų veiklos klausimus, suburti kuo daugiau bendraminčių problemų sprendimui. Tik po metų, t.y. 1995 m. vasario 13 d., Teisingumo ministerijoje įregistruoti Lietuvos gimnazijų asociacijos įstatai.
Asociacija vienija ne tik lietuviškas, bet ir rusiškas bei lenkiškas mokyklas; vidurines mokyklas, pagrindines mokyklas ir gimnazijas; miestą ir kaimą; universitetus ir gimnazijas; profesines mokyklas ir gimnazijas; mokytojus ir mokslininkus. Asociacija organizavo mokslines ir praktines konferencijas, seminarus, stažuotes ir kitus metodinius renginius; inicijavo mokslinius-tiriamuosius darbus švietimo ir mokslo klausimais, kūrė gimnazijų informacijos banką; bendradarbiavo ir keitėsi informacija su fondais, aukštojo mokslo institucijomis, mokyklomis, leidyklomis, kitomis panašaus profilio neprieštaraujančiomis asociacijos tikslams bei uždaviniams institucijomis, veikiančiomis tiek Lietuvoje, tiek ir užsienyje; formavo ir plėtojo tiesioginius ryšius tarp Lietuvos gimnazijų ir mokytojų; visuose lygiuose gynė asociacijos narių teises ir teisėtus reikalavimus.
Asociacija bendradarbiavo su Švietimo ir mokslo ministerija, Švietimo plėtotės centru, Nacionaliniu egzaminų centru, LAMA BPO, Švietimo mainų paramos fondu, Pagrindinių mokyklų asociacija, Mokyklų vadovų asociacija, Lietuvos savivaldybių švietimo padalinių vadovų asociacija, Vilniaus universitetu, Kauno technologijos universitetu, Vadybos ir ekonomikos universitetu (ISM), Vilniaus Gedimino technikos universitetu, Kauno kameriniu orkestru, Lietuvos Jaunimo rūmais, Latvijos, Danijos ir Norvegijos gimnazijomis, TEV leidykla. Asociacijos iniciatyva užmegzti ryšiai su Latvijos ir Estijos gimnazijų asociacijomis, per įvairius fondus buvo organizuoti vadybos mokymai vadovams ir pavaduotojams. Kartu su Švietimo ir mokslo ministerijos atstovais vyko kūrybinės-edukacinės išvykos į Daniją ir Norvegiją, kur buvo kuriami strateginiai gimnazijų veiklos dokumentai. Pasikeitus valdininkams, gimnazijų taryba inicijuodavo susitikimus su ŠMM ministrais bei Seimo švietimo ir mokslo komiteto naujais nariais. Asociacija, gindama savo interesus, atstovavo gimnazijas Lietuvos švietimo taryboje, Lietuvos aukštojo mokslo taryboje, audito konsultantų rengimo grupėje, išorės audito konsultantų atrankoje, mokinio krepšelio tobulinimo grupėje, švietimo mainų fondo veikloje, Metų mokytojo rinkimo komisijoje, subsidiarumo dokumentų rengimo grupėje, ES struktūrinės paramos efektyvaus ir skaidraus panaudojimo grupėje, mokyklų struktūros grupėje, egzaminų taryboje, mokytojo pareigybės aprašo parengimo grupėje, bendrojo ugdymo taryboje, PIT akreditavimo komisijoje, Lietuvos profesinio orientavimo taryboje, mokyklų akreditavimo komisijose, išorinio audito grupėse, sveikatos apsaugos ministerijos darbo grupėse, Demokratinės politikos instituto veikloje.
2008 m. balandžio 18 d. Kauno Maironio gimnazijoje vykusioje ataskaitinėje- rinkiminėje konferencijoje buvo išrinktas naujas prezidentas ir taryba. Prezidentu tapo Kęstutis Miliauskas, Alytaus Jotvingių gimnazijos direktorius. Per savo darbo kadenciją nauja taryba ir prezidentas daug dėmesio skyrė siūlymų teikimui dėl vadovų atestacijos nuostatų, biurokratijos ir dokumentų skaičiaus mažinimo, dėl mokyklų tinklo pertvarkos. LGA siekė, kad būtų įvestas etatinis mokytojų apmokėjimas, atnaujinta mokyklų valdymo struktūra, mokinio krepšelis būtų papildytas aplinkai skirtomis lėšomis. Naujoji taryba dėjo pastangas, kad brandos egzaminų sesija netrukdytų ugdymo procesui, iš tėvų teisiškai būtų pareikalauta vykdyti savo pareigas užtikrinat vaikų lankomumą ir mokymąsi.
Kelmės Jono Graičiūno gimnazijoje 2011 m. balandžio 21 d. vykusioje LGA atskaitinėje-rinkiminėje konferencijoje buvo išrinkta nauja taryba. Kadangi į konferenciją nesusirinko LGA įstatuose numatytas sprendimams priimti reikalingas dalyvių skaičius, todėl naujai išrinktos tarybos nebuvo galima įteisinti. Konferencijoje buvo iškeltas klausimas, ar nereikėtų panaikinti LGA. Visa sprendimo dėl tolesnės LGA veiklos teisė buvo patikėta naujai išrinktai, bet neįteisintai tarybai. Buvo nutarta, kad naujai išrinkta taryba turėtų organizuoti naujus rinkimus arba nebevykdyti LGA veiklos.
2012 m. gegužės 10 d. Vilniaus Mykolo Biržiškos gimnazijoje taryba organizavo rinkiminę konferenciją. Konferencijoje susirinko reikalingas priimti sprendimus dalyvių skaičius. Dalyviai vienbalsiai patvirtino naujos tarybos sudėtį ir išrinko naują prezidentą, juo tapo Edmundas Grigaliūnas, Vilniaus Žirmūnų gimnazijos direktorius. Taryba ir prezidentas daug dėmesio skyrė, kad LGA veikla būtų matoma ir naudinga jos nariams. Buvo sukurta asociacijos svetainė, dalis už nario mokestį surinktų lėšų panaudota respublikos gimnazijų organizuojamiems projektams finansuoti. Buvo pasirašyta bendradarbiavimo sutartis su Šiaulių universitetu ir, naudodamiesi jo baze, tarybos nariai pradėjo organizuoti vaizdo konferencijas. Siekiant geriau žinoti gimnazijoms kylančias problemas, buvo organizuojami tarybos išvažiuojamieji posėdžiai-susitikimai su apskričių LGA nariais. Daug pastangų įdėta, kad būtų laikomasi mokyklų tinklų pertvarkymo plano ir nebūtų grįžtama prie senų mokyklų tipų. Taryba aktyviai dalyvavo įvairiose Švietimo ir mokslo ministerijos sukurtose darbo grupėse, teikdavo siūlymus ir išsakydavo tvirtą savo poziciją aktualiais gimnazijoms klausimais.
2016 m. kovo 18 d. Raseinių rajono sodyboje „Karpynė“ LGA organizavo konferenciją, kurioje buvo išrinkta nauja taryba ir prezidentas. Juo tapo Vytautas Kantauskas, Šiaulių Simono Daukanto gimnazijos direktorius.
